Т.е. на самом первом этапе, в который и вовлечена авиакомпания. Таможня и паспортный контроль- это уже последующие этапы.
Процесс между входом в аэропорт и приседанием в кресло самолета состоит из 3 этапов.
1. Регистрация на рейс. Вот на этом этапе и попросят показать визу в российском паспорте или паспорт страны назначения.
2. Таможенный контроль. Проверят не вывозятся ли запрещенные предметы.
3. Паспортный контроль. Могут попросить показать посадочный талон.
http://www.tury.ru/doc.php?id=135
Летала несколько раз с двумя паспортами и проблем не было.